錯誤一·新水族箱就放入硝化菌 很多人在新購水族箱中加滿自來水後，立即倒入大量硝化細菌，所謂開缸，殊不知硝化細菌也需要廢物做(食物)，在新水中往往缺少這些物質，造成硝化細菌活化後，由於缺少(食物)而大量死亡，反而影響了水質。

錯誤二·生物菌做淨水劑 有些人聽說硝化細菌有淨水的功效，誤以為硝化細菌可以作為淨水劑使用·其實硝化細菌可以分解水中的有毒or有害物質，抑制褐藻等汙染水質的生物繁殖，但是不能去除懸浮在水中已有的雜質和藻類，這些需要其它微生物的絮凝作用結成團塊，再由過濾器濾出。

錯誤三·把生物菌當作治療藥劑 當自己心愛的魚生病時，往往有病亂投醫，常看到有人用高濃度的硝化菌當作治療藥劑·硝化細菌可以通過菌群的自身快速繁殖，來抑制有害細菌的增加，並不能直接殺滅病菌·這樣不僅耽誤了病情，而且造成了藥液的浪費。

錯誤四·生物菌數量越多越好 一般硝化細菌包裝說明上會明標明每毫升的含量，通常是５億個－３０億個，但並不是含量越高越好·這是因為高濃度硝化細菌活體的長時間儲存是一個難題，硝化細菌在生產or運輸or銷售環節中，稍不注意就會使硝化細菌大量死亡，造成硝化細菌失效·硝化細菌的有效期一般在１２個月左右。

錯誤五·生物菌不能和鹽配合使用 有人認為鹽是殺菌的，所以在加入硝化菌後不能加鹽·殊不知很多硝化細菌都是廣鹽性的，完全可以搭配使用·另外，如果水族箱中病菌大量滋生，魚也會因此感染上細菌性疾病，此時應該先加入殺菌水，３－５天后待將水族箱中原有病菌殺滅殆盡時，在通過大量換水和活性炭吸附等辦法將殺菌水的作用降低後，加入硝化細菌重建生化系統

錯誤六·把生物菌當作飼料加入劑 不少硝化細菌成分說明中會強調含高蛋白，甚至直接介紹應該在魚飼料中加入一定量的硝化細菌，硝化細菌僅是作為水質處理劑使用·飼料中應該加入的最有效生物菌是雙歧桿菌，乳酸桿菌，酵母菌等有益菌群。